Filip Jörgensen es uno de los grandes talentos que han crecido en la Cantera Grogueta. El portero llegó al Villarreal CF en 2017, con 15 años, procedente del RCD Mallorca. En la temporada 2018/19, jugó con el Juvenil A, donde hizo un doblete ganando la Copa del Rey Juvenil y la liga.
Jörgensen participó en la Youth League durante la campaña 2021/22 y vivió el ascenso con el Villarreal B a la Segunda División Española. El 15 de diciembre de 2021 debutó con el primer equipo frente al Atlético Sanluqueño en la segunda eliminatoria de la Copa del Rey.
La temporada pasada, se consolidó en la portería del Villarreal CF, siendo uno de los guardametas titulares más jóvenes de las cinco grandes ligas. Con el primer equipo groguet ha disputado un total de 44 partidos: 38 en LaLiga, 3 en la Conference League, uno en la UEFA Europa League y 2 en Copa del Rey.