Prandelli fue entrenador del Valencia, pero solo tres meses. Llegó el 3 de octubre de 2016, tras la salida de otro mítico entrenador del Valencia como es Pako Ayestarán. Y en este caso, no se quiso comer las uvas en la ciudad del Turia. Presentó su dimisión el 30 de diciembre de 2016, ante un gran revuelo y muchas críticas.
Su salida vino precipitada por algo ya común en el Valencia CF, la falta de fichajes. Como él ha dicho en una entrevista concedida a Relevo: «Me prometieron una serie de fichajes que luego no llegaron. Hubo incomprensiones, pero sobre todo fue difícil para mí aceptar que los jefes quisieran diseñar exclusivamente la plantilla.»
Como explica el técnico italiano, los dirigentes de ese entonces creían que la plantilla estaba entre las cuatro mejores, pero él no lo pensaba así. Pidió cinco incorporaciones nuevas en el mercado de invierno, y ante la negativa, presentó su dimisión.
Respecto a la afición, se rinde ante ella. «Es muy buena y exigente, como se debe. Era muy pasional, y nosotros teníamos que estar a su altura. Nos habría gustado haber programado la temporada de forma diferente», dice Prandelli. También habla que entre el cuerpo técnico y los dirigente habían muchas incomprensiones. Acepta sus errores, pero dice que el club no estaba bien gestionado. No añade nombres.
En cuanto a su salida, comenta que le tocó pagar mucho dinero. El club le denunció por haber rescindido su contrato unilateralmente, y al perder el juicio, dió ese dinero a la Fundación del Valencia. «Aceptaba pagar porque así lo determinaba una cláusula en el contrato, pero pretendía que el dinero fuera a los socios.», explica.
